Aus Anlass der ersten Verleihung des Preises im Jahr 1969 wurde vom akademischen Bildhauer Prof. Fritz Tiefenthaler jene „Wiener Flötenuhr“ entworfen, die als Hintergrundbild auf den verliehenen Preisurkunden dient. Es handelt sich hierbei um eine feuervergoldete Reliefgussplatte, auf der eine historische Musikspieluhr (Musikspielschrank) zu sehen ist. Die Gußplatte trägt am rechten und linken Rand die Schriftzüge „Schallplattenpreis Flötenuhr“ und „Mozartgemeinde Wien“.

Die Anregung zur Anfertigung dieser „Flötenuhr“ kam vom damaligen Ehrenvorstand der Mozartgemeinde, Prof. Hans Sittner. Ganz bewußt wollte man als Symbol für den zu jener Zeit ins Leben gerufenen neuen Schallplattenpreis eine derartige Darstellung wählen, sollte doch die „Flötenuhr“ Bezug auf späte Kompositionen Mozarts für Spieluhren bzw. mechanische Walzen (z.B. KV 594, 608) nehmen. Sittner erinnerte sich in den Sechzigerjahren des 20. Jahrhunderts an einen wenige Jahre nach Mozarts Tod angefertigten Musikschrank im Empirestil mit ägyptischen Zauberflötenmotiven und 54 gedeckten und offenen Holzpfeifen, den er auf einer Reise kennen gelernt hatte. Dieser Musikschrank war in privatem Besitz, wurde aber später dem Leipziger Musikinstrumentenmuseum übergeben. Hans Sittner hatte auch Gelegenheit, dafür konzipierte Mozart-Werke auf diesem Instrument zu hören.

Nach Zeichnungen, die Sittner selbst anfertigte, wurde schließlich die „Wiener Flötenuhr“ von Fritz Tiefenthaler, dem 1929 in Osttirol geborenen Bildhauer, hergestellt, der lange Zeit Professor an der damaligen Hochschule für angewandte Kunst in Wien war und unter anderem die 500 Schilling-Münze „825 Jahre Mariazell“ entwarf. Die Originalgußplatte der „Wiener Flötenuhr“ wird heute, wie das gesamte Archiv der Mozartgemeinde Wien, im Wiener Stadt- und Landesarchiv verwahrt.